Daftar pelabuhan di Indonesia

Jawa
Merak, penyeberangan Feri ke Lampung

    Pelabuhan Batu Guluk, Madura, Jawa Timur
    Pelabuhan Cirebon, Jawa Barat
    Pelabuhan Merak, Banten
    Pelabuhan Kalianget, Madura, Jawa Timur
    Pelabuhan Kalimas, Surabaya, Jawa Timur
    Pelabuhan Kamal, Madura, Jawa Timur
    Pelabuhan Ketapang, Banyuwangi, Jawa Timur
    Pelabuhan Surindro Supjarso, Popoh, Tulungagung
    Pelabuhan Ujung, Surabaya, Jawa Timur
    Pelabuhan Sunda Kelapa, Jakarta
    Pelabuhan Tanjung Perak, Surabaya, Jawa Timur
    Pelabuhan Pertiwi, Pamanukan, Subang, Jawa Barat
    Pelabuhan Tanjung Priok, Jakarta
    Pelabuhan Tanjung Wangi, Banyuwangi, Jawa Timur
    Pelabuhan Tanjung Mas, Semarang, Jawa Tengah
    Pelabuhan Tanjung Intan, Cilacap, Jawa Tengah
    Pelabuhan Pramuka, Garut, Jawa Barat

Sumatera
Pelabuhan Belawan

    Pelabuhan ASDP Desa Jagoh, Lingga, Kepulauan Riau
    Pelabuhan ASDP Dompak, Tanjungpinang, Kepulauan Riau
    Pelabuhan ASDP Parit Rempak, Karimun, Kepulauan Riau
    Pelabuhan ASDP Tanjung Uban, Bintan, Kepulauan Riau
    Pelabuhan ASDP Telaga Punggur, Batam, Kepulauan Riau
    Pelabuhan Bakauheni, Lampung
    Pelabuhan Bakong, Lingga, Kepulauan Riau
    Pelabuhan Batam Centre, Batam, Kepulauan Riau
    Pelabuhan Batu Ampar, Batam, Kepulauan Riau
    Pelabuhan Belawan, Sumatera Utara
    Pelabuhan Bengkulu, Bengkulu
    Pelabuhan Bulang Linggi, Bintan, Kepulauan Riau
    Pelabuhan Dabo Singkep, Lingga, Kepulauan Riau
    Pelabuhan Harbour Bay, Batam, Kepulauan Riau
    Pelabuhan Kijang Sri Bayintan, Bintan, Kepulauan Riau
    Pelabuhan Kote, Lingga, Kepulauan Riau
    Pelabuhan Krueng Geukueh, Aceh
    Pelabuhan Jambi, Jambi
    Pelabuhan Idris Sardi, Muara Sabak
    Pelabuhan Letung Jemaja, Kepulauan Anambas, Kepulauan Riau
    Pelabuhan Marok Tua, Lingga, Kepulauan Riau
    Pelabuhan Midai, Natuna, Kepulauan Riau
    Pelabuhan Muara, Padang, Sumatera Barat
    Pelabuhan Nongsa, Batam, Kepulauan Riau
    Pelabuhan Pancur, Lingga, Kepulauan Riau
    Pelabuhan Pangkal Balam, Bangka-Belitung
    Pelabuhan Panjang, Lampung
    Pelabuhan Penagih, Natuna, Kepulauan Riau
    Pelabuhan Penuba, Lingga, Kepulauan Riau
    Pelabuhan Pulau Laut, Natuna, Kepulauan Riau
    Pelabuhan Pulau Subi, Natuna, Kepulauan Riau
    Pelabuhan Sei Tenam, Lingga, Kepulauan Riau
    Pelabuhan Senayang, Lingga, Kepulauan Riau
    Pelabuhan Sekupang, Batam, Kepulauan Riau
    Pelabuhan Sijantung, Batam, Kepulauan Riau
    Pelabuhan Sri Bintan Pura, Tanjungpinang, Kepulauan Riau
    Pelabuhan Sri Payung, Tanjungpinang, Kepulauan Riau
    Pelabuhan Sungai Pakning, Dumai, Riau
    Pelabuhan Sungai Buluh, Lingga, Kepulauan Riau
    Pelabuhan Sunggak, Kepulauan Anambas, Kepulauan Riau
    Pelabuhan Yoseph Iskandar, Tapaktuan, Aceh
    Pelabuhan Tanjung Api-api, Palembang, Sumatera Selatan
    Pelabuhan Tanjung Balai, Sumatera Utara
    Pelabuhan Tanjung Balai Karimun, Karimun, Kepulauan Riau
    Pelabuhan Tanjung Buton, Lingga, Kepulauan Riau
    Pelabuhan Tanjung Pandan, Bangka-Belitung
    Pelabuhan Tanjung Setelung Serasan, Natuna, Kepulauan Riau
    Pelabuhan Tarempa, Kepulauan Anambas, Kepulauan Riau
    Pelabuhan Telaga Punggur, Batam, Kepulauan Riau
    Pelabuhan Teluk Bayur, Sumatera Barat

Kalimantan
TPK Palaran

    Banjarmasin, Batu Licin, Satui, Kalimantan Selatan
    Dwikora, Kalimantan Barat
    Palangkaraya, Sampit-Kotim, Kumai-Kobar, Bagendang-Sampit, Kuala Pembuang-Seruyan, Kalimantan Tengah
    Semayang, Balikpapan
    Malundung, Tarakan
    Pelabuhan Trisakti, Banjarmasin
    Pelabuhan Samudera, Batulicin
    TPK Palaran,Samarinda

Sulawesi
Pelabuhan Pamatata

    Makassar, Sulawesi Selatan
    Tanjung Ringgit, Palopo, Sulawesi Selatan
    Belopa, Sulawesi Selatan
    Malili, Sulawesi Selatan
    Pare Pare, Sulawesi Selatan
    Kendari, Sulawesi tenggara
    Buton, Sulawesi Tenggara
    Bitung, Sulawesi Utara
    Pelabuhan Gorontalo, Gorontalo
    Pelabuhan Anggrek, Kwandang, Gorontalo
    Pelabuhan Pantoloan, Pantoloan, Sulawesi Tengah
    Polewali, Sulawesi Barat
    Barru , Sulawesi Selatan
    Paotere, Makassar
    Pamatata, Selayar
    Pelabuhan penyeberangan Bajoe-Watampone, sulawesi selatan

Nusa Tenggara
Benoa

    Benoa, Bali
    Lembar, Lombok
    Pelabuhan ASDP Kayangan, Lombok
    Kantor Unit Penyelenggara Kelas III Labuhan Lombok
    Pelabuhan Kabupaten Lombok Timur Labuhan Haji, Lombok
    Pelabuhan Kapupaten Lombok Timur Tanjung Luar, Lombok
    Kantor Unit Penyelenggara Pelabuhan Pemenang
    Waingapu, Sumba
    Kupang, Timor Barat
    Kabupaten Belu, Kantor Pelabuhan Atapupu
    Kabupaten Timur Tengah Utara, Kantor Pelabuhan Wini
    Kabupaten Flores Timur, Larantuka
    Lorosay,kabupaten sikka,maumere

Maluku Utara

    Administrasi Pelabuhan Ternate
    Kantor Pelabuhan Buli
    Kantor Pelabuhan Daruba
    Kantor Pelabuhan Sanana
    Kantor Pelabuhan Tobelo
    Kantor Pelabuhan Labuha
    Kantor Pelabuhan Gebe
    Kantor Pelabuhan Jailolo
    Kantor Pelabuhan Soa Sio
    Kantor Pelabuhan Laiwui

Maluku

    Kantor Syahbandar dan Otoritas Pelabuhan Yos Soedarso
    Kantor Syahbandar dan Otoritas Pelabuhan Banda
    Kantor Unit Penyelenggara Pelabuhan Tuhelu
    Kantor Unit Penyelenggara Pelabuhan Wahai
    Kantor Unit Penyelenggara Pelabuhan Waisarisa
    Kantor Unit Penyelenggara Pelabuhan Saumlaki
    Kantor Unit Penyelenggara Pelabuhan Namlea
    Kantor Unit Penyelenggara Pelabuhan Amahai
    Kantor Unit Penyelenggara Pelabuhan Geser
    Kantor Unit Penyelenggara Pelabuhan Leksula
    Kantor Unit Penyelenggara Pelabuhan Tual
    Kantor Unit Penyelenggara Pelabuhan Dobo
    Kantor Unit Penyelenggara Pelabuhan Wonreli

Papua Barat

    Administrator Pelabuhan Sorong
    Administrator Pelabuhan Manokwari
    Administrator Pelabuhan Fak-fak
    Kantor Pelabuhan Kaimana
    Kantor Pelabuhan Bintuni
    Kantor Pelabuhan Taminabuan
    Kantor Pelabuhan Wasior

Papua

    Administrasi Pelabuhan Jayapura
    Administrasi Pelabuhan Biak
    Administrasi Pelabuhan Merauke
    Kantor Pelabuhan Nabire
    Kantor Pelabuhan Agats
    Kantor Pelabuhan Pomako
    Kantor Pelabuhan Amahai